В листі від 25 червня 1909 р. С. Могилевцев запропонував розширити завдання музею: «…його пряме завдання – сприяти розвитку освіти в народі, бути живим струменем безпосереднього в ньому спілкування тих же вчителів та інших науковців між собою і з народом шляхом лекцій та інших читань, які можуть найповніше сприяти якомога кращому поширенню необхідних просвітницьких та наукових відомостей, давши можливість і дорослим долучитися до освіти, маючи доступ до читальні при музеї та оглядаючи виставки, колекції та ін. навчальні посібники під освіченим керівництвом хранителів кабінетів, слухаючи лекції та пояснення».

     В подальшому було вирішено майбутню споруду перейменувати на Педагогічний музей імені  Цесаревича Олексія. Його було намічено спорудити в пам’ять 50-річчя скасування кріпацтва в Російській державі 1861 р.).

13 липня 1910 року в Першій чоловічій гімназії у присутності  П.Ф. Альошина та господарчого комітету гімназії було здійснено виділення земельної ділянки для  будівництва Педагогічного музею. (св. 2,3)
Закладка музею відбулася 30 липня 1910 року. Подія широко освітлювалась в пресі. У правому куті фундаменту в гранітному ящику була закладена дошка з текстом про музей.  (св. 4,5). 

Освячення будівлі відбулось 28 серпня 1911. Газети повідомляли, що на урочистостях були присутні прем’єр-міністр Росії Столипін П.А., міністр народної освіти Кассо Л.А., Київський міський голова Дяков І.М. Почесних гостей особисто зустрічав С. Могилевцев, дамам підносили букети.

   18 жовтня 1912 року будівля урочисто відкрили для доступу киян і гостей міста.

   Кошти на утримання музею виділялися із щорічних відрахувань від сум, що відпускалися на потреби народної освіти в губерніях, які входили до Київського навчального округу (Київська, Подільська, Волинська, Чернігівська, Полтавська, Холмська губернії), а також з інших джерел, що були у віданні округу. На адресу музею надходили також пожертвування.

    Метою функціонування педагогічного музею  було «дати працівникам нижчої і середньої школи можливість наочно, на зразках чи друкованих джерелах ознайомлюватися з найкращою постановкою навчально-виховної справи, а також з історією школи та її сучасним станом в Росії і закордоном. Таким чином, музей має з одного боку сприяти нагальним практичним потребам викладання, з іншого – забезпечити теоретичну, наукову розробку навчально-виховних питань» (Положення про Педагогічний музей при Управлінні Київським навчальним округом ЦДІА України, ф. 730, оп. 1, од. зб. 294, л. 62-63, 1901).

Споруда справляла враження величності своїми стінами, облицьованими плитами з білого інкерманського каменю, цоколем з фінського сірого граніту, фризом, який по всій своїй  протяжності прикрашений витонченими барельєфами, що органічно вписалась у комплекс університетського кварталу і завдяки своїм архітектурно – художнім якостям була схвально сприйнята громадськістю міста. (cв. 11, 12)

Євген Кузьмін, який в кореспонденціях з Києва до петербурзького журналу «Аполлон» надто критично змальовував культурно-мистецьке життя Києва початку століття,все ж відзначав, що «Некоторым утешением среди этого безбережногоморя «художественной» пошлости явилось выстроенное к тому же сроку здание педагогического музея, благодаря чему Киев обогатился образчиком возрожденного в наше время ампира (…) общее впечатление от здания проникнуто простотой благородного стиля, невиданного Киевом со времени постройки киевского университета и здания первой гимназии…»

Крім залів для експозиції, в Педагогічному музеї була і фахова бібліотека, читальний зал, спеціальні кабінети для демонстрування навчальних посібників і приладів, зразковий фізичний кабінет, довідкове бюро, виставка педагогічної літератури, велика аудиторія для проведення масових заходів. Він мав книгосховище, а також зали: бібліотечний, канцелярії, для проведення зборів вчених і представників різних освітніх товариств, виставковий і велику кількість кабінетів допоміжних приміщень

У Педагогічному музеї відкрили зразковий фізичний кабінет, в якому було зібрано все найкраще, що тільки можна було помістити в такому кабінеті на той час, а також давалася довідка про те, де все це можна придбати. (св. 20, 21)

Отже, Педагогiчний музей працював як великий науково-методичний центр Київського навчального округу. Звичайно, місце для розташування такого закладу було вибране не випадково. Адже ця частина міста була насичена навчальними закладами, серед яких: університет Святого Володимира, 1-ша і 2-га чоловічі гімназії, Фундуклеївська гімназія св. Ольги, колегія Павла Галагана, пансіон Левашової, інші приватні навчальні заклади.